Растительный покров Республики Алтай представляет собой сложно организованную систему. Пограничное положение Горного Алтая, контрастность современных ландшафтов, длительный процесс истории развития обусловили здесь большое разнообразие флоры. Для Алтая выделяют 5 основных типов растительности - степную, лесную, болотную, луговую, тундровую и 5 второстепенных - кустарниковую, водную, береговую, скальную, сорную.
Северо-Восточный Алтай, тяготеющий к Телецкому озеру, характеризуется большим количеством осадков.
Степной пояс в этом районе отсутствует. Подножия хребтов, располагающиеся на высоте около 300 - 400 м, покрыты березовыми лесами в комплексе с суходольными лугами, имеющими в своем составе незначительное количество степных форм. Пояс лиственных лесов распространяется до высоты 700 м. Выше идет пояс хвойных, преимущественно черневых лесов с ведущим значением в древостое пихты сибирской и мощным развитием травяного покрова. В верхнем поясе тайги, на высоте 1200 - 1700 м, преобладает сосна сибирская (кедр).
Совершенно иной тип вертикальной поясности встречается на Юго-Восточном Алтае, где больше, чем в других районах, отражается соседство с полупустынями Монголии.
Последние лиственницы исчезают на высоте 2000 - 2200 м. Далее широко развиты луговые кобрезиевые тундры, сходные с таковыми же на Тянь-Шане. На плоскогорьях Чулышманском и Укок тундровые формации сосуществуют со степными, причем по формам мезо- и микрорельефа степные участки соответствуют часто большей высоте, иллюстрируя характерное для этой части Алтая явление инверсии растительных поясов. Тундровые формы растений спускаются и еще ниже, принимая значительное участие в составе травостоя пониженных участков Чуйской котловины.
Наиболее полно вертикальная поясность в распределении растительности выражена в Центральном Алтае, по склонам таких хребтов, как Катунский и Теректинский.
В широких долинах рек, у подножия гор и по южным их склонам развивается растительность степного пояса, где степи перемежаются с лиственничными перелесками по ложкам и парковыми лиственничными лесами со значительно остепненным травостоем. С высоты 1500 - 1700 м кедр становится доминирующей породой и вблизи границы леса, сочетаясь с субальпийскими лугами, образует чистые кедровники или размещается небольшими группами, разбросанными на обширном луговом фоне.
Степная растительность Юго-Западного Алтая подходит к подножию гор от равнин Северного Казахстана и по южным склонам и широким долинам рек проникает довольно далеко в глубину гор. По сравнению с другими районами Горного Алтая степной пояс здесь пространственно наиболее полно выражен, точно отражая собой понятие "пояс".
Полно и широко на Западном Алтае представлен также лесной пояс, приближающийся по составу слагающих древостой пород к северо-восточному району. Ведущей древесной породой здесь также выступает сибирская пихта, а основной формацией - черневая тайга с присущими ей характерными чертами разных типов всех ярусов. В нижней части горных степей еще встречаются небольшие массивы березовых и сосновых лесов.
На территории Республики Алтай представлены практически все типы растительности Северной Азии, а также широко распространены сообщества центрально-азиатских, восточно-казахстанских и других типов. Как на уровне отдельных элементов флоры, так и на уровне сообществ, прослеживаются исторические связи с Альпами, зональными тундрами, Тянь-Шанем и с другими регионами.
К настоящему времени во флоре Республики Алтай зарегистрировано около 2,5 тыс. высших сосудистых растений (что составляет около 50% всей флоры Сибири), около 1 тыс. видов лишайников, значительное число мохообразных и грибов. Из них в Красную книгу Республики Алтай занесены 180 видов растений, лишайников и грибов.
В силу многообразия природно-климатических условий среди краснокнижных растений преобладают реликты третичного периода и эндемики высокогорий Южной Сибири, сохранение местообитаний которых представляет задачу первостепенной важности.