На территории Республики Алтай эффективно функционирует развитая сеть особо охраняемых природных территорий, по состоянию на 1 января 2018 года насчитывающая 51 ООПТ различных категорий, относящихся к двум уровням - федеральному и региональному.
В ее состав входят два государственных природных биосферных заповедника - Алтайский и Катунский; национальный парк "Сайлюгемский"; Горно-Алтайский филиал Центрального Сибирского ботанического сада; 4 природных парка - "Белуха", "Зона покоя "Укок", "Уч Энмек" (с кластером "Аргут"), "Ак Чолушпа"; Сумультинский и Шавлинский биологические заказники; 44 памятника природы республиканского значения (рисунок 6, таблица 22).
Общая площадь особо охраняемых природных территорий различного уровня и статуса составляет около 25% территории республики. На большей части этой площади запрещено осуществление видов деятельности в сфере охотничьего хозяйства. К особо охраняемым территориям федерального значения относятся: ФГБУ "Алтайский государственный природный биосферный заповедник", занимающий площадь 871206 га в Турочакском и Улаганском районах, ФГБУ "Государственный природный биосферный заповедник "Катунский" площадью 151637 га в пределах Усть-Коксинского района и ФГБУ "Национальный парк "Сайлюгемский", расположенный в Кош-Агачском районе тремя кластерами на общей площади 118380 га.
Охота также запрещена:
- на территории Государственного природного биологического заказника регионального значения "Сумультинский", занимающего площадь 255352 га в Онгудайском районе;
- Государственного природного биологического заказника "Шавлинский", занимающего площадь 246601 га в Онгудайском и Кош-Агачском районах;
- в Каракольском природном парке "Уч Энмек" (Онгудайский район) на территории "Зоны заповедного режима" (810 га) и "Зоны с ограниченным режимом пользования" (4776 га), а также в "Зоне заповедного режима" на территории Теректинского хребта (кластер "Аргут");
- на территории Природного парка "Белуха" (Усть-Коксинский район) в пределах заповедной зоны площадью 11012 га и особо охраняемой зоны площадью 37000 га;
- на территории Природного парка "Зона покоя Укок" (Кош-Агачский район) охота запрещена в пределах зоны заповедного режима площадью 26800 га.
Охота также запрещена на территории Природного парка "Ак Чолушпа" в пределах особо охраняемой зоны "Калбакая" площадью 78947 га. Любительская и спортивная охота запрещена в зоне охраны историко-культурных комплексов и объектов "Пазырык" площадью 24 га.
Также запрещена охота на территории образованного в 2017 г. памятника природы "Аскатская долина" в Чемальском районе на площади 335 га.
Перечисленные особо охраняемые природные территории фактически выполняют функции зон охраны охотничьих ресурсов в Республике Алтай на площади более 1,6 миллиона гектаров, значительно превышающей рекомендуемую норму 10 - 15% охотничьих угодий.
Перечень памятников природы республиканского значения утвержден постановлением Правительства Республики Алтай от 16 февраля 1996 года N 38 "Об утверждении памятников природы республиканского значения" (с изменениями на 25 июня 2018 года). На территории памятников природы, независимо от их категорий (пещеры, источники, водопады и другие) и расположения, в соответствии с установленным режимом их охраны запрещено добывание объектов животного мира. Исключение представляет памятник природы "Аскатская долина", где в соответствии с приказом Министерства природных ресурсов, экологии и имущественных отношений Республики Алтай от 2 августа 2017 года N 463 особо оговаривается запрет на все виды охоты, кроме охоты в целях осуществления научно-исследовательской деятельности, образовательной деятельности и в целях регулирования численности охотничьих ресурсов.
Охотпользователи, на территории закрепленных охотничьих угодий которых расположены памятники природы республиканского значения, обязаны в своей хозяйственной деятельности руководствоваться требованиями режима особой охраны территории памятника природы, установленными соответствующим "Положением о памятнике природы республиканского значения".