В ходе реализации государственной программы предусматривается участие органов местного самоуправления муниципальных образований Магаданской области в реализации мероприятий подпрограмм "Экологическая безопасность и охрана окружающей среды Магаданской области" на 2014-2021 годы", "Развитие водохозяйственного комплекса Магаданской области" на 2014-2021 годы".
Участие общественных, научных и иных организаций в реализации государственной программы не предусмотрено.