Природные и рекреационные ресурсы являются основой жизни и социально-экономического благополучия республики. Республика Саха (Якутия) относится к регионам с низким уровнем антропогенной нагрузки на природную среду. Свыше 90% ее территории не затронуты промышленным или иными видами освоения. Республика обладает уникальным потенциалом арктических и северных экосистем с ненарушенным естественным ходом природных процессов, признанных резервом биосферы, выполняющим значимые функции поддержания глобального экологического равновесия.
Регион имеет устойчивый фундамент в виде отлаженной системы охраны окружающей среды и обеспечения и надзора, действующей во взаимодействии с федеральными природоохранными органами.
Современная экологическая ситуация в Республике Саха (Якутия) обусловлена наличием обширных малонаселенных, не затронутых хозяйственной деятельностью, территорий, локальных территорий в промышленных районах, имеющих высокий уровень антропогенного воздействия добывающих предприятий, а также потенциальных рисков объектов накопленного экологического ущерба.
Радиационная обстановка на территории Республики Саха (Якутия) остается удовлетворительной, радиационных аварий и превышений гигиенических нормативов по радиоактивному загрязнению окружающей среды не зарегистрировано.
Уровень загрязнения атмосферного воздуха населенных пунктов республики по показателю комплексного индекса загрязнения атмосферы оценивается как низкий. Рост объемов валовых выбросов в атмосферный воздух и снижение доли уловленных и обезвреженных загрязняющих веществ в 2014 - 2016 годах, по сравнению с предыдущими годами, связаны с развитием и усилением воздействия нефтегазодобывающей промышленности.
В Якутии насчитывается свыше 700 тыс. рек и малых водотоков общей протяженностью 1,9 млн. км, около 825 тыс. озер суммарной площадью более 83 тыс. кв. км. Качественный состав воды крупных рек Лена, Вилюй, Колыма, Индигирка, Яна оценивается как "грязная" (4-й класс), "очень загрязненная" (3-й класс, разряд "б") и "загрязненная" (3-й класс, разряд "а").
Сохранению ландшафтного и видового разнообразия способствует развитая система особо охраняемых природных территорий - Ытык Кэрэ Сирдэр. Ее общая площадь увеличилась с 909,2 тыс. кв. км (в 2006 г.) до 1144,9 тыс. кв. км или 37,1% территории республики. Что является одним из максимальных показателей среди субъектов Российской Федерации. Система особо охраняемых природных территорий включает в себя 3 особо охраняемых природных территорий федерального, 125 республиканского и 98 местного значения. Признанием мировой значимости уникальной природы республики стало присвоение статуса объекта Всемирного наследия ЮНЕСКО природному парку "Ленские столбы".
Состояние флоры и фауны в Республике Саха (Якутия), динамика численности отдельных популяций является недостаточно изученными, особенно в арктических и северных районах. По данным учетных работ численность пушных животных, таких как соболь, лисица, песец остается стабильной, численность ондатры, белки, горностая снижается. Начиная с 2007 г. наблюдается естественный депрессивный спад популяций зайца-беляка, резко сократилась численность колонка. Численность бурого медведя растет и оценивается в 16-18 тысяч особей, численность волка стабильна и составляет около 9 тысяч особей. Численность диких копытных животных: лося, косули, благородного оленя, снежного барана - стабильная и составляет порядка 83 тыс., 24 тыс., 13 тыс. и 60 тыс. особей, соответственно. Две из трех крупных популяций дикого северного оленя - лено-оленекская (90-95,0 тысяч особей) и сундрунская (28,5 тысяч особей) - находятся в стабильном состоянии, яно-индигирская популяция (1,5-2,0 тысяч особей) находится на крайне низком уровне.
В Красную книгу Республики Саха (Якутия) занесено 357 видов растений, 112 видов животных, из них 29 видов растений и 23 вида животных занесены в Красную книгу Российской Федерации. Мониторинговые работы по видам, занесенным в Красные книги, показывают, что состояние редких видов в регионе удовлетворительное.
На состояние биоразнообразия все более заметное влияние оказывают изменение среды обитания в связи с промышленным освоением территории, строительством крупных линейных объектов, процессы глобального изменения климата. Кроме того, на ряд популяций диких копытных животных, ценных видов рыб, водоплавающих птиц значимое влияние оказывает интенсивный промысел, незаконная добыча биоресурсов.
Важную роль в реализации экологической политики республики в области сохранения биоразнообразия на основе приоритетов экологического просвещения населения выполняет государственное бюджетное учреждение "Республиканский зоопарк "Орто Дойду", который ежегодно в среднем посещают более 80 тыс. чел. В зоопарке содержатся 187 видов животных различных таксономических групп, в том числе отнесенные к редким и особо ценным видам, проводится эколого-просветительная работа с населением, реабилитационная работа по спасению животных, поступивших в результате изъятия, обнаружения осиротевших и больных особей, в том числе относящихся к редким и исчезающим видам.
Сохранение окружающей природной среды, обеспечивающей устойчивое состояние естественных экосистем и объектов животного и растительного мира, поддержание оптимального природного режима на освоенных человеком пространствах, комплексный подход к природопользованию является фундаментом улучшения качества среды обитания и залогом стабильного социально-экономического развития региона. Комплексный подход способствует снижению экологических рисков здоровью населения, повышению "зеленого имиджа" и экологического рейтинга территории.
Усиление темпов и географии промышленного освоения приведет к сокращению экологически чистых пространств, росту антропогенного воздействия на природные комплексы, увеличению площадей территорий, на которые распространяется воздействие предприятий. Общая площадь нарушенных земель в Республике Саха (Якутия) в 2016 г. - 40,55 тыс. га. В структуре нарушенных земель преобладают земли, нарушенные при добыче полезных ископаемых открытым способом, занятые отвалами вскрышных и вмещающих пород, золо- и шлакоотвалами, подъездными дорогами и промышленными площадками. На землях населенных пунктов к нарушенным землям отнесены земельные участки, образованные в процессе производства строительных работ и добычи строительных материалов.
Особого внимания требует проблема негативного антропогенного воздействия на водные объекты. Из 75,3 млн м3 сточных вод, подлежащих очистке, 34% (25,6 млн м3) очищаются до установленных нормативов, 60,2% сбрасываются недостаточно очищенными, 5,9% загрязненными без очистки.