Территория края разделяется на две резко отличающиеся части: северная равнинная и южная горная. Равнинная зона - Прикубанская низменность - занимает две трети территории и является экономически наиболее развитой частью. Южная зона образована системами хребтов Западного Кавказа, примыкающей к ним полосой предгорий и узкой лентой Черноморского побережья.
Климат на большей части территории умеренно-континентальный, на Черноморском побережье от Анапы до Туапсе - полусухой средиземноморский, южнее Туапсе - влажный субтропический. В горах выражена высотная климатическая зональность. В течение всего года типичны резкие изменения погоды - значительны месячные, сезонные и многолетние колебания температур. Для предгорий характерны фёны, способствующие быстрому сходу снега весной и усилению паводков на реках. В районе Анапа - Новороссийск - Геленджик скорость ветра (бора) более 15 м/с, иногда более 40 м/с. Среднее количество дней с ветром (бора) 21 (в Новороссийске - более 40), из них 18 в холодное полугодие.
Средняя температура января на равнине 3 - 5 °C, на Черноморском побережье 0 - 6 °C, в Сочи 5 - 9 °C. Средняя температура июля - 22 - 24 °C.
Годовое количество осадков - от 400 до 600 мм в равнинной части до 3242 мм и более в горной. Каждую весну в крае бывают паводки. В целом для края характерны жаркое лето и мягкие зимы.
Средняя продолжительность времени, когда в светлое время суток на территории края наблюдается солнечная погода, составляет 2300 часов в год.
В крае более 500 рек, его основная водная артерия - Кубань - одна из главных рек Северного Кавказа. Для регулирования стока и расширения рисовых систем были сооружены Крюковское, Варнавинское, Краснодарское водохранилища; последнее - самое крупное на юге России.