Совет осуществляет следующие функции:
4.1. Разрабатывает предложения по организации взаимодействия исполнительных органов государственной власти Краснодарского края, территориальных органов федеральных органов исполнительной власти, органов местного самоуправления, общественных организаций и объединений в процессе реализации принятых Советом решений.
4.2. Осуществляет накопление, обработку и анализ информации в сфере этноконфессиональных отношений на территории Краснодарского края.
4.3. Осуществляет подготовку предложений главе администрации (губернатору) Краснодарского края, органам государственной власти Краснодарского края, территориальным органам федеральных органов исполнительной власти, органам местного самоуправления, общественным организациям и объединениям для принятия решений в сфере реализации государственной национальной политики Российской Федерации в Краснодарском крае по вопросам развития межнациональных и государственно-конфессиональных отношений, сохранению и развитию национальных традиций и культуры народов, проживающих на территории Краснодарского края, в пределах их полномочий.
4.4. Осуществляет в пределах компетенции иные функции в сфере реализации государственной национальной политики Российской Федерации в области этноконфессиональных отношений в соответствии с законодательством Российской Федерации.