Источниками финансирования Программы являются федеральный бюджет, бюджет Республики Крым, внебюджетные источники. На финансирование Программы предполагается направить средства в сумме 2954511,0 тыс. руб., в т.ч.:
федеральный бюджет - 787342,7 тыс. руб. (2018 г. - 249707,0 тыс. руб., 2019 г. - 269614,35 тыс. руб., 2020 г. - 268021,35 тыс. руб.);
бюджет Республики Крым - 2027568,3 тыс. руб. (2018 г. - 755317,3 тыс. руб., 2019 г. - 659735,4 тыс. руб., 2020 г. - 612515,6 тыс. руб.);
внебюджетные средства - 139600,0 тыс. руб. (2018 г. - 33660,0 тыс. руб., 2019 г. - 94840,0 тыс. руб., 2020 г. - 11100,0 тыс. руб.). Объем финансирования Программы за счет средств федерального бюджета и бюджета Республики Крым ежегодно уточняется в соответствии с федеральным законом о федеральном бюджете на соответствующий финансовый год и законом Республики Крым о бюджете Республики Крым на соответствующий финансовый год. Объем финансирования в разрезе мероприятий Программы представлен в приложении 5 к Программе.