Основой методологии обоснования экономической и социально-экологической эффективности реализации государственной программы являются соответствующие подходы, позволяющие описать и систематизировать совокупность природных процессов с учетом конкретной хозяйственной деятельности, которая направлена на сохранение, восстановление и воспроизводство природных ресурсов, охрану окружающей среды и создание экологически устойчивых и экономически эффективных природных ландшафтов.
Учитывая важную роль государства в решении природоохранных проблем, при обосновании эффективности реализации государственной программы предусматривалась эффективность коммерческая, бюджетная, общественная, экологическая, социальная.
Экологическая эффективность достигается в результате восстановления и сохранения водных и биологических ресурсов, природных ландшафтов, сохранения биологического разнообразия, уменьшения ущерба природе и улучшения здоровья населения.
Социальная эффективность реализации государственной программы обеспечивается путем сохранения существующих и создания новых рабочих мест (ориентировочно в количестве 1000 единиц), занятости населения сельских районов, создания безопасной среды для проживания людей.
Выполнение государственной программы будет способствовать развитию производственной инфраструктуры в области охраны окружающей среды и природопользования, совершенствованию системы управления природопользованием, внедрению международных стандартов ИСО серии 9000 и ИСО серии 190011 в целях обеспечения выполнения экологических требований в производственной деятельности.
Оценка эффективности реализации государственной программы осуществляется по итогам отчетного финансового года путем проведения комплексного анализа результатов деятельности, достигнутых в сферах охраны окружающей среды и природопользования в Республике Башкортостан, а также путем сравнения фактически достигнутых значений целевых индикаторов (показателей) эффективности реализации государственной программы с их плановыми значениями. Данный анализ позволяет установить степень достижения целей и решения задач государственной программы.