Министерство в соответствии с возложенными на него задачами обладает следующими основными функциями:
3.1. В области водных отношений:
3.1.1. Владение, пользование, распоряжение водными объектами, находящимися в государственной собственности Республики Саха (Якутия).
3.1.2. Участие в установлении ставок платы за пользование водными объектами, находящимися в государственной собственности Республики Саха (Якутия), в разработке порядка расчета и взимания такой платы.
3.1.3. Участие в деятельности бассейновых советов.
3.1.4. Резервирование источников питьевого и хозяйственно-бытового водоснабжения.
3.1.5. Осуществление регионального государственного надзора в области использования и охраны водных объектов, за исключением водных объектов, подлежащих федеральному государственному надзору, а также за соблюдением особых условий водопользования и использования участков береговой полосы (в том числе участков примыкания к гидроэнергетическим объектам) в границах охранных зон гидроэнергетических объектов, расположенных на водных объектах, подлежащих региональному государственному надзору за их использованием и охраной.
3.1.6. Участие в организации и осуществлении государственного мониторинга водных объектов в пределах установленных полномочий.
3.1.7. Осуществление мер по предотвращению негативного воздействия вод и ликвидации его последствий в отношении водных объектов, находящихся в государственной собственности Республики Саха (Якутия).
3.1.8. Осуществление мер по охране водных объектов, находящихся в государственной собственности Республики Саха (Якутия).
3.1.9. Разработка проекта правового акта о перечне объектов, подлежащих региональному государственному надзору в области использования и охраны водных объектов.
3.1.10. Администрирование платы за пользование водными объектами, находящимися в государственной собственности Республики Саха (Якутия) и федеральной собственности, в порядке, установленном законодательством.
3.1.11. Приостановление или ограничение водопользования в соответствии с законодательством Российской Федерации.
3.1.12. Установление, изменение зон санитарной охраны источников питьевого и хозяйственно-бытового водоснабжения при наличии санитарно-эпидемиологического заключения о соответствии границ таких зон и ограничений использования земельных участков в границах таких зон санитарным правилам, а также прекращение существования таких зон.