Структура и перечень подпрограмм соответствуют принципам программно-целевого управления экономикой, охватывают все основные сферы сельского хозяйства: производство сельскохозяйственной продукции, ее реализацию, технико-технологическое и информационное обеспечение сельского хозяйства, государственное регулирование отношений в сфере сельского хозяйства.