Основными функциями комиссии являются:
оценка результатов финансово-хозяйственной деятельности организаций, в том числе по итогам проведенных в отношении организаций проверок различными органами контроля в соответствии с действующим законодательством;
определение степени выполнения планов финансово-хозяйственной деятельности организаций, платежеспособности организаций, разработка мер по обеспечению своевременного и полного поступления обязательных платежей в бюджет Самарской области;
разработка рекомендаций по предупреждению негативных ситуаций и повышению эффективности финансово-хозяйственной деятельности организаций, в том числе по рациональному использованию средств областного бюджета, повышению эффективности использования имущества Самарской области;
определение целесообразности функционирования и необходимости проведения реорганизации или ликвидации социально значимых нерентабельных организаций;
рассмотрение вопросов дальнейшего распоряжения долями Самарской области с точки зрения повышения эффективности использования имущества Самарской области (в отношении организаций, имеющих долю Самарской области в уставном капитале).