6.1. Министерство возглавляет министр, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Главой Республики Дагестан.
Министр имеет заместителей министра, назначаемых на должность и освобождаемых от должности решением Правительства Республики Дагестан по представлению министра.
6.2. Министр:
осуществляет общее руководство деятельностью Министерства на основе единоначалия и несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Министерство функций;
утверждает положения о структурных подразделениях Министерства, назначает на должность и освобождает от должности работников Министерства, распределяет обязанности между заместителями министра;
издает в пределах своей компетенции приказы, организует контроль за их исполнением;
утверждает в пределах установленной численности работников, фонда оплаты труда и бюджетных ассигнований штатное расписание, сметы расходов на содержание аппарата Министерства;
осуществляет оценку эффективности деятельности заместителей министра, руководителей структурных подразделений и работников Министерства на основании перечня показателей эффективности, утвержденного приказом Министерства.
6.3. В Министерстве создается коллегия, основной задачей которой является выработка решений по важнейшим вопросам, связанным с осуществлением функций государственного управления в области промышленности и топливно-энергетического комплекса Республики Дагестан.
В состав коллегии входят министр (председатель коллегии), заместители министра (по должности) и руководители отдельных структурных подразделений аппарата. В состав коллегии могут включаться представители других органов исполнительной власти Республики Дагестан, а также могут входить руководители организаций и предприятий, ученые и специалисты.
Состав коллегии утверждается Правительством Республики Дагестан по представлению министра.
Решения коллегии принимаются большинством голосов и оформляются постановлением коллегии. В случае наличия разногласий между министром и членами коллегии решение принимает министр, докладывая о возникших разногласиях в Правительство Республики Дагестан.