Комплексное управление Программой осуществляется субъектом бюджетного планирования - Минсельхозпродом Республики Мордовия.
Система управления реализацией Программы:
ответственными за реализацию Программы в целом являются отдел развития отраслей растениеводства и отдел по производству и переработке сельскохозяйственной продукции Минсельхозпрода Республики Мордовия;
координацию деятельности учреждений и организаций, участвующих в реализации Программы, и согласование их действий по реализации программных мероприятий осуществляет отдел по производству и переработке сельскохозяйственной продукции Минсельхозпрода Республики Мордовия;
реализацию каждого мероприятия Программы осуществляют сельхозпредприятия Республики Мордовия;
финансирование программных мероприятий осуществляет отдел финансов, бухгалтерского учета и отчетности Минсельхозпрода Республики Мордовия;
мониторинг реализации Программы осуществляют отдел развития отраслей растениеводства и отдел по производству и переработке сельскохозяйственной продукции Минсельхозпрода Республики Мордовия.