В Республике Башкортостан выстроена разветвленная инфраструктура поддержки СМСП в составе 32 организаций, оказывающих финансовую, имущественную, информационно-консультационную, организационную, образовательную и другую поддержку предпринимателям.
Ежегодные рейтинги подтверждают высокий уровень деятельности таких инфраструктурных институтов развития, как Гарантийный и Лизинговый фонды Республики Башкортостан, АНО "Микрокредитная компания малого бизнеса Республики Башкортостан". Для субъектов малого предпринимательства в регионе функционируют Центр поддержки предпринимательства, Центр инноваций социальной сферы, АО "Региональная лизинговая компания Республики Башкортостан", Фонд поддержки инвестиционных инициатив для предоставления займов субъектам малого предпринимательства Республики Башкортостан, Венчурный фонд, 9 индустриальных парков, 7 технопарков, 3 бизнес-инкубатора (в городах Октябрьском, Салавате, Сибае), 3 центра трансфера технологий. Действуют 22 инновационных предприятия при образовательных организациях высшего образования и научных организациях, 3 центра коллективного пользования, 2 центра прототипирования, региональный центр инжиниринга.
В отличие от многих других субъектов Российской Федерации в Республике Башкортостан с 2013 года используются ресурсы многофункциональных центров предоставления государственных и муниципальных услуг (далее - МФЦ) в целях ускорения процедуры и повышения качества услуг предпринимателям в части государственной финансовой поддержки. В Фонде развития и поддержки малого предпринимательства Республики Башкортостан организована работа "горячей линии". С 2002 года функционирует специализированный Интернет-портал по вопросам поддержки и развития малого бизнеса "Малый бизнес Башкортостана", который высоко оценен АНО АСИ в 2015 году (группа "А" Национального рейтинга состояния инвестиционного климата в субъектах Российской Федерации). С 2016 года функционирует новый портал по вопросам государственной поддержки МСП - "Официальный деловой портал Республики Башкортостан" bizrb.ru.
Удовлетворенность предпринимателей объектами инвестиционной инфраструктуры (технологическими и промышленными парками, промышленными площадками), находящимися на территории Республики Башкортостан, АНО АСИ в 2016 году оценена на 3,89 балла (группа "C").