С учётом масштаба и многообразия задач, решаемых в рамках программы, роль заказчиков выполняет целая группа областных исполнительных органов государственной власти.
Разработка и реализация комплекса мер, направленных на развитие социальной сферы, транспортно-дорожной инфраструктуры, ЖКХ, опираясь на целевую финансовую поддержку областного бюджета, обеспечивается взаимодействием с органами местного самоуправления.
Руководящие органы СО РАН и СО РАМН, НГУ, ФГБУ «ННИИПК им. ак. Е.Н. Мешалкина», научные организации ННЦ формируют конкретные планы и программы, направленные на развитие научно-исследовательской деятельности, укрепление и модернизацию научно-экспериментальной базы, укрепление кадрового потенциала, развитие сотрудничества с производственными структурами.
Общее руководство и контроль за ходом реализации программы осуществляет заказчик-координатор - министерство образования, науки и инновационной политики Новосибирской области.
Роль заказчиков программы выполняют:
министерство строительства и жилищно-коммунального хозяйства Новосибирской области;
министерство экономического развития Новосибирской области;
министерство промышленности, торговли и развития предпринимательства Новосибирской области;
министерство здравоохранения Новосибирской области;
министерство культуры Новосибирской области;
департамент физической культуры и спорта Новосибирской области.
Учитывая масштаб и многомерность программы, заказчик-координатор программы совместно с заказчиками программы обеспечивает привлечение к разработке системы мероприятий, анализу исходных условий, мониторингу процессов развития и исполнения программы, а также для осуществления процедур согласования принимаемых решений с заинтересованными организациями и гражданами Президиум СО РАН, СО РАМН и их научные организации, ФГБУ «ННИИПК им. ак. Е.Н. Мешалкина», мэрию города Новосибирска, заинтересованные организации, в том числе путем создания специализированных структур или передачи на аутсорсинг связанных с этим работ.
Исполнителями программы являются исполнительные органы государственной власти Новосибирской области, бюджетные организации, к полномочиям которых относится деятельность в сфере действия программы, а также иные организации, определяемые заказчиками на конкурсной основе.
Важнейшим механизмом реализации программы является выделение приоритетов развития научно-технической деятельности, конкурентно перспективных отраслевых направлений, формирование и реализация конкретных проектов, комплексных планов, а в отдельных случаях - сопряжённых долгосрочных и ведомственных целевых программ.
При этом должна широко применяться практика государственно-частного партнёрства.
Реализация мероприятий, предусматриваемых программой, предполагает тесное взаимодействие и координацию действий областных исполнительных органов государственной власти, комиссии при Губернаторе Новосибирской области по вопросам содействия развитию ННЦ СО РАН, мэрии города Новосибирска, органов местного самоуправления, а также руководящих органов СО РАН и СО РАМН, научных и образовательных организаций, промышленных и других предприятий, а также общественных объединений граждан и профессиональных сообществ.
Ход реализации программы и достигнутые результаты должны освещаться в электронных и печатных средствах массовой информации с целью предоставления общественности объективной информации.
Ежегодно итоги выполнения программы подводятся на заседании Правительства Новосибирской области.