Источником финансирования являются средства областного бюджета Новосибирской области, бюджетов муниципальных районов и городских округов Новосибирской области, а также внебюджетные средства и иные источники, не противоречащие законодательству Российской Федерации. Расходы на финансирование Программы ежегодно корректируются с учетом индекса цен и включаются в закон об областном бюджете Новосибирской области на соответствующий финансовый год.
Основные затраты будут связаны с совершенствованием организационных схем системы питания школьников и модернизацией материально-технической базы пищеблоков школ. Это создание базовых школьных столовых и комбинатов, оснащение их современным оборудованием, приобретение транспортных средств и т. д. По данному направлению затраты областного бюджета за пять лет составят около 480 млн. руб. Затраты на обучение и повышение квалификации специалистов, занятых в организации школьного питания, а также субсидирование муниципальных образований - 7 млн. руб. за пять лет. Проведение ежегодного мониторинга организации школьного питания и разработка технологической документации потребует около 4 млн. руб. Затраты на проведение мероприятий по формированию культуры здорового питания среди участников образовательного процесса оцениваются в 6 млн. рублей.
Общий объём средств областного бюджета Новосибирской области на реализацию программы по предварительным оценкам составит около 500 млн. руб. Объем средств из местных бюджетов составит предположительно 200 млн. руб. Объем средств из внебюджетных источников - 100 млн. руб. Общий прогнозируемый объем финансирования по всем источникам предположительно составит 800 млн. руб.