Водоросли освоили разнообразные места обитания. В водоемах водоросли живут в толще воды (планктонные), или они прикрепляются к субстрату на дне водоема (бентосные). Водоросли могут образовывать различные симбиотические ассоциации с другими организмами, из которых самые известные - лишайники. Следует упомянуть о водорослях, обитающих в экстремальных условиях, - в снежных и ледяных биотопах.
Сообщества планктонных водорослей образованы преимущественно одноклеточными или колониальными формами. В Баренцевом и Белом морях фитопланктон представлен в основном диатомовыми и динофлагеллятами. В сообществах пресных водоемов Кольского полуострова диатомовые также обильны, но могут доминировать и другие группы - сине-зеленые и зеленые водоросли.
Сообщества бентосных водорослей развиваются на твердом субстрате в прибрежных зонах морей и озер. Бентосные водоросли - это нередко крупные растения, морские представлены красными, бурыми и зелеными водорослями, пресноводные - обычно зелеными.