Организацию и управление всем комплексом работ по реализации Программы осуществляет департамент промышленности, инноваций и предпринимательства мэрии.
Отдел взаимодействия со средним и малым бизнесом департамента промышленности, инноваций и предпринимательства мэрии города Новосибирска реализует функции координатора Программы во взаимодействии с другими структурными подразделениями мэрии города Новосибирска, общественными объединениями предпринимателей, организациями - соисполнителями Программы.
Координатор Программы по мере необходимости готовит предложения о корректировке перечня программных мероприятий на очередной финансовый год, представляет заявки на финансирование этапов реализации Программы.
Контроль за ходом исполнения Программы осуществляют:
мэрия города Новосибирска;
Совет депутатов города Новосибирска.
Текущий контроль за ходом реализации Программы осуществляет Совет по поддержке и развитию предпринимательства, созданный постановлением мэра от 02.09.2003 N 2115 «О создании Совета по поддержке и развитию предпринимательства в городе Новосибирске».
Заказчик и координатор Программы регулярно информируют СМиСП, общественные объединения предпринимателей и средства массовой информации о ходе выполнения мероприятий Программы.