Выделение в рамках Государственной программы подпрограмм направлено на системное решение задач и достижение целей программы.
Совокупность подпрограмм, ведомственных целевых программ, отдельных мероприятий рассчитана на комплексное развитие производственной, экономической, социальной и экологической составляющих агропромышленного комплекса Ленинградской области.
Структура подпрограмм, использование в качестве механизма их реализации ведомственных целевых программ и отдельных мероприятий отвечают принципам программно-целевого планирования развития сложных производственно-экономических систем, к которым относится агропромышленный комплекс Ленинградской области.