Основным риском при реализации подпрограммы является вероятное уменьшение объемов финансирования ее мероприятий из федерального бюджета и областного бюджета Ленинградской области, что может быть вызвано снижением доходной части федерального бюджета в связи с падением цен на нефть и газ и другие ресурсы на мировом рынке, а также уменьшением доходов областного бюджета Ленинградской области из-за сокращения налоговых поступлений от консолидированных групп организаций крупных налогоплательщиков, сформировавшихся в сфере добычи и переработки нефти и газа, производства нефтепродуктов на базе акционерных обществ "Нефтяная компания "Лукойл", "АК "Транснефть", "Газпром", "Сургутнефтегаз".
В качестве меры по страхованию указанного риска может быть принят механизм государственно-частного партнерства, в рамках которого со стороны Правительства Ленинградской области субъектам бизнеса, участвующим в реализации подпрограммы, предлагаются финансовые преференции в ответ на дополнительные вложения в развитие сельских территорий.
Существенным риском при реализации подпрограммы является вероятный рост объемов импорта продовольственных товаров по низким ценам, связанный с колебаниями курса мировых валют, снижением валютного курса рубля, что может повлечь сокращение сельскохозяйственного производства на северо-востоке и востоке Ленинградской области и, как следствие, снижение уровня занятости и доходов сельского населения, недоступность жилья и ряда социальных услуг.
В качестве меры по страхованию указанного риска необходимо провести структурную перестройку сельской экономики указанных территорий путем расширения несельскохозяйственных видов деятельности.