Государственным заказчиком и разработчиком Подпрограммы VI является Министерство сельского хозяйства и продовольствия Московской области.
Исполнителями Подпрограммы VI являются Министерство сельского хозяйства и продовольствия Московской области, сельскохозяйственные организации АПК Московской области на основании заключенных соглашений.