Государственным заказчиком и разработчиком Подпрограммы II является Министерство сельского хозяйства и продовольствия Московской области.
Исполнителями Подпрограммы II являются Министерство сельского хозяйства и продовольствия Московской области, организации АПК Московской области на основании заключенных соглашений.