Перечень подпрограмм определен в целях выполнения поручений Президента Российской Федерации, Председателя Правительства Российской Федерации и достижения целей и задач, определенных основополагающими документами в части развития АПК, а именно: увеличения объемов производства сельскохозяйственной продукции и достижения показателей Доктрины продовольственной безопасности Российской Федерации по тем направлениям сельскохозяйственного производства, по которым рентабельность недостаточна для их самостоятельного эффективного развития.
Структура и перечень подпрограмм соответствует принципам программно-целевого управления экономикой, охватывает все основные сферы агропромышленного производства: производство сельскохозяйственной продукции и пищевых продуктов, их реализацию, технико-технологическое, информационное и научное обеспечение, социальное развитие сельских территорий и управление реализацией Программы.
Состав подпрограмм рассчитан на комплексное развитие АПК в целом по экономике Московской области.