Государственным заказчиком и разработчиком Подпрограммы III является Министерство сельского хозяйства и продовольствия Московской области.
Исполнителями Подпрограммы III являются Министерство сельского хозяйства и продовольствия Московской области, сельскохозяйственные товаропроизводители и организации АПК Московской области на основании заключенных соглашений.