Общий контроль за выполнением Программы осуществляет вице-губернатор Ленинградской области - полномочный представитель Губернатора Ленинградской области в Законодательном собрании Ленинградской области.
Комитет по местному самоуправлению, межнациональным и межконфессиоиальным отношениям Ленинградской области осуществляет оперативный контроль за выполнением мероприятий Программы, обеспечивает информирование и организационное взаимодействие органов местного самоуправления муниципальных образований с органами исполнительной власти Ленинградской области в ходе реализации мероприятий Программы.
Контроль за финансированием Программы осуществляет комитет финансов Ленинградской области.
В соответствии с Порядком разработки, утверждения и контроля за реализацией долгосрочных целевых программ в Ленинградской области, утвержденным постановлением Правительства Ленинградской области от 18 июля 2008 года N 209, комитет по местному самоуправлению, межнациональным и межконфессиональным отношениям Ленинградской области представляет отчет о ходе реализации Программы ежеквартально в Комитет экономического развития и инвестиционной деятельности Ленинградской области и комитет финансов Ленинградской области, ежегодно - в Правительство Ленинградской области.