Общий контроль за выполнением Программы осуществляет вице-губернатор Ленинградской области - полномочный представитель Губернатора Ленинградской области в Законодательном собрании Ленинградской области.
Оперативный контроль за выполнением мероприятий Программы осуществляет комитет по местному самоуправлению, межнациональным и межконфессиональным отношениям Ленинградской области посредством анализа представляемых исполнителями отчетов о выполнении мероприятий Программы.
Комитет по местному самоуправлению, межнациональным и межконфессиональным отношениям Ленинградской области представляет отчет о реализации мероприятий Программы ежеквартально в Комитет экономического развития и инвестиционной деятельности Ленинградской области, ежегодно - в Правительство Ленинградской области.