Представителем заказчика и координатором Программы является комитет по местному самоуправлению, межнациональным и межконфессиональным отношениям Ленинградской области. Главным распорядителем бюджетных средств, предусмотренных на реализацию мероприятий Программы, является управление делами Правительства Ленинградской области.
В целях управления Программой комитет по местному самоуправлению, межнациональным и межконфессиональным отношениям Ленинградской области проводит рабочие совещания с экспертами в области научных исследований коренных малочисленных народов Ленинградской области, представителями общин и национально-культурных некоммерческих организаций коренных малочисленных народов Ленинградской области, рассматривает предложения органов исполнительной власти Ленинградской области по корректировке мероприятий Программы.
На проведение мероприятия Программы заключается договор (государственный контракт) между получателем бюджетных средств и исполнителем работ по мероприятию, определяющий взаимные права и обязанности, сроки исполнения и объемы финансирования мероприятия.
Управление делами Правительства Ленинградской области как главный распорядитель бюджетных средств, предусмотренных на реализацию мероприятий Программы, осуществляет финансовый контроль за реализацией мероприятий Программы и при необходимости требует от исполнителей работ финансовый отчет о ходе выполнения мероприятия.