Создание Комплекса предусматривается поэтапное.
В рамках первого этапа планируется осуществление строительства объектов и сооружений для постройки морских транспортных судов дедвейтом до 100 тыс.т. с внедрением развитой кооперации с предприятиями Санкт-Петербурга на изготовление и поставку корпусных деталей, микропанелей и панелей, а также комплектующих изделий.
В рамках второго этапа предполагается развитие производственных возможностей Комплекса в обеспечение постройки крупнотоннажных транспортных судов различного назначения дедвейтом до 300 тыс.т., морской техники для освоения шельфа, а также технически сложных судов.
В рамках третьего этапа будет осуществлен перевод производства дизель-электрических подводных лодок, поставка которых будет осуществляться в соответствии с заключенными контрактами до 2020 года.