По итогам контрольной деятельности Палаты в 2009 году следует выделить существенные недостатки и нарушения, оказывающие негативное влияние на эффективность и результативность расходования бюджетных средств:
1. Большинство действующих ГЦП характеризуется неконкретностью показателей, пересечениями с другими программами и с текущей деятельностью, что не позволяет в полной мере использовать возможности программно-целевого метода формирования и исполнения бюджета.
2. Не в полной мере используется потенциал городского имущества, в том числе земельных ресурсов, для роста неналоговых доходов бюджета.
3. Система предоставления бюджетных субсидий построена без четкой взаимосвязи с показателями их использования. Отсутствует методическое обеспечение планирования расходов на предоставление субсидий за счет средств бюджета города Москвы, а также оценки эффективности их использования.
4. Для оптимизации бюджетных расходов в социальной сфере необходим комплексный анализ эффективности субсидирования и иных способов организации предоставления социальной помощи жителям города Москвы, в том числе организации и проведения закупок для государственных нужд, функционирования специальных государственных унитарных предприятий и бюджетных учреждений.
5. При проведении всех контрольных мероприятий выявляются многочисленные нарушения требований законодательства по размещению и исполнению государственного заказа: закупки без проведения конкурсных процедур, в том числе заключение и дальнейшее продление сроков действия ранее заключенных договоров, необоснованное дробление закупок, несоответствие условий заключаемых государственных контрактов условиям проектов контрактов, входящих в состав конкурсной документации, низкий уровень организации претензионной работы по взысканию с контрагентов неустойки за ненадлежащее исполнение договорных обязательств.
6. Действующая модель финансирования эксплуатации жилищного фонда и предоставления коммунальных услуг населению не способствует экономному расходованию бюджетных средств, не стимулирует экономию энергоресурсов.
7. Неэффективность существующей системы внутреннего контроля у большинства главных распорядителей бюджетных средств не позволяет обеспечить прозрачность всех расходов городского бюджета, сохранность государственного имущества.