Охранная зона памятника природы озера Большой Шантрапай расположена на территории Еткульского муниципального района.
Граница охранной зоны памятника природы озера Большой Шантрапай определена расстоянием от границы памятника природы озера Большой Шантрапай не менее 100 м и колеблется от 100 до 350 м.
Общая протяженность границы охранной зоны памятника природы озера Большой Шантрапай составляет 9,26 км. Площадь охранной зоны памятника природы озера Большой Шантрапай составляет 107,55 га.