В качестве координатора Программы выступает аппарат Губернатора и Правительства Сахалинской области.
Механизм реализации Программы базируется на принципах партнерства органов исполнительной власти Сахалинской области, территориальных органов федеральных органов исполнительной власти, а также разграничения полномочий и ответственности всех участников Программы.
Исполнителями программных мероприятий являются территориальные органы федеральных органов исполнительной власти и областные органы исполнительной власти с учетом их компетенции и специфики запланированных мероприятий: управление Федеральной службы безопасности Российской Федерации по Сахалинской области, управление внутренних дел по Сахалинской области, Сахалинское линейное управление внутренних дел на транспорте, Главное Управление МЧС России по Сахалинской области, управление Федеральной миграционной службы по Сахалинской области, управление Федеральной службы Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков по Сахалинской области, управление по технологическому и экологическому надзору по Сахалинской области Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору, министерство здравоохранения Сахалинской области, министерство образования Сахалинской области, агентство по культуре Сахалинской области, агентство спорта, туризма и молодежной политики Сахалинской области, управление внутренней политики аппарата Губернатора и Правительства Сахалинской области, управление информационной политики аппарата Губернатора и Правительства Сахалинской области, управление общественной безопасности и контроля аппарата Губернатора и Правительства Сахалинской области.
Исполнители программных мероприятий представляют в управление общественной безопасности и контроля аппарата Губернатора и Правительства Сахалинской области ежеквартально, до 5-го числа месяца, следующего за отчетным кварталом, статистическую, справочную и аналитическую информацию о результатах реализации Программы.
При отсутствии финансирования программных мероприятий координатор Программы и исполнители вносят предложения об изменении сроков их реализации либо снятии их с контроля.
Текущее управление и оперативный контроль за ходом реализации Программы осуществляет управление общественной безопасности и контроля аппарата Губернатора и Правительства Сахалинской области, которое выполняет следующие функции:
1. Представляет в министерство экономического развития Сахалинской области ежеквартально, до 10-го числа месяца, следующего за отчетным кварталом, информацию о результатах реализации Программы, при этом представляемая информация должна содержать:
1.1 перечень выполненных мероприятий Программы с указанием объемов и источников финансирования, а также непосредственных результатов выполнения этих мероприятий;
1.2 аналитическую информацию о причинах неисполнения мероприятий или неосвоения средств, а также о принимаемых мерах по устранению причин, негативно влияющих на реализацию Программы.
2. Ежегодно до 20 января года, следующего за отчетным, готовит отчет о реализации Программы и направляет его в аппарат Губернатора и Правительства Сахалинской области и в министерство экономического развития Сахалинской области.
3. В течение 30 дней после окончания срока реализации Программы готовит доклад об итогах реализации Программы за весь период и направляет его в аппарат Губернатора и Правительства Сахалинской области и в министерство экономического развития Сахалинской области.
Министерство экономического развития Сахалинской области в срок до 01 февраля каждого года готовит и представляет в аппарат Губернатора и Правительства Сахалинской области и (или) по поручению Правительства области в Сахалинскую областную Думу доклад о ходе реализации Программы за отчетный период.
Условиями досрочного прекращения реализации Программы является увеличение доли зарегистрированных преступлений террористического и экстремистского характера до показателя более 5% от общего числа зарегистрированных преступлений за год.