5.1. Агентство ЗАГС возглавляет руководитель, назначаемый на должность Губернатором Сахалинской области по согласованию с уполномоченным федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке и реализации государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере государственной регистрации актов гражданского состояния.
5.2. Положение об агентстве ЗАГС утверждается Правительством Сахалинской области, структура и предельная численность работников агентства ЗАГС - Губернатором Сахалинской области.
5.3. Агентство в своей деятельности подчиняется Правительству Сахалинской области.
5.4. Руководитель агентства ЗАГС:
5.4.1. организует работу агентства ЗАГС;
5.4.2. руководит на принципах единоначалия деятельностью агентства ЗАГС;
5.4.3. несет персональную ответственность за выполнение возложенных на агентство ЗАГС задач и осуществление им своих полномочий;
5.4.4. утверждает штатное расписание агентства ЗАГС в пределах установленной численности и фонда оплаты труда;
5.4.5. утверждает положения о структурных подразделениях агентства ЗАГС, должностные регламенты государственных гражданских служащих агентства ЗАГС;
5.4.6. осуществляет полномочия представителя нанимателя в отношении государственных гражданских служащих Сахалинской области, замещающих должности в агентстве ЗАГС;
5.4.7. утверждает смету расходов на содержание агентства ЗАГС в пределах средств, предусмотренных в областном бюджете;
5.4.8. издает приказы, обязательные для исполнения всеми государственными гражданскими служащими агентства ЗАГС;
5.4.9. обеспечивает безопасные условия и охрану труда государственных гражданских служащих агентства ЗАГС;
5.4.10. обеспечивает доступ к информации о деятельности агентства ЗАГС в соответствии с законодательством.