Министерство природных ресурсов и охраны окружающей среды Сахалинской области является уполномоченным органом государственной власти Сахалинской области по организации реализации Программы. Реализация Программы осуществляется совместно с Правительством Сахалинской области, министерством экономического развития Сахалинской области, министерством финансов Сахалинской области, министерством лесного и охотничьего хозяйства Сахалинской области и другими органами исполнительной власти Сахалинской области в части установления в областных целевых программах значений целевых индикаторов оценки воздействия на окружающую среду.
Общий контроль за исполнением Программы осуществляется Правительством Сахалинской области.
Управление и оперативный контроль над ходом реализации Программы, а также координацию деятельности соисполнителей Программы осуществляет министерство природных ресурсов и охраны окружающей среды Сахалинской области.
Министерство природных ресурсов и охраны окружающей среды Сахалинской области в ходе выполнения Программы:
- разрабатывает в пределах своих полномочий нормативные правовые акты, необходимые для выполнения Программы;
- составляет план-график реализации Программы;
- обеспечивает эффективное использование средств, выделяемых на реализацию Программы;
- проводит мониторинг реализации программных мероприятий в целях контроля их выполнения и достижения целевых индикаторов;
- подготавливает в министерство финансов Сахалинской области информацию о ходе реализации Программы в текущем году и представляет в установленном порядке сводную бюджетную заявку на финансирование мероприятий Программы в очередном финансовом году;
- представляет в установленном порядке (ежеквартально) и по установленной форме в министерство экономического развития Сахалинской области статистическую, справочную и аналитическую информацию о ходе реализации Программы;
- вносит в министерство экономического развития Сахалинской области и министерство финансов Сахалинской области предложения о корректировке мероприятий по реализации Программы либо о прекращении ее выполнения;
- проводит оценку результативности реализации Программы, ее социально-экономической и бюджетной эффективности.