Управление Программой и контроль за ходом ее реализации осуществляет Правительство Оренбургской области через МТиЗН, которое реализует программные мероприятия во взаимодействии с органами надзора и контроля, органами исполнительной власти и органами местного самоуправления области.
МТиЗН обеспечивает представление необходимой информации о ходе выполнения мероприятий и эффективности использования областных бюджетных средств в министерство экономического развития, промышленной политики и торговли Оренбургской области. Ход и результаты выполнения Программы рассматриваются на заседаниях областной межведомственной комиссии по охране труда.