Контроль за реализацией Программы возложен на управление ветеринарии Алтайского края, которое обеспечивает мониторинг основных показателей Программы и предоставление в установленном порядке необходимой информации о ходе ее выполнения.
В случае выделения в рамках выполнения программных мероприятий средств краевого бюджета крестьянским (фермерским) и личным подсобным хозяйствам порядок предоставления указанных средств утверждается нормативным правовым актом Администрации края.