Внедрение в производство новых сортов - наиболее доступный и эффективный путь повышения урожайности и увеличения валовых сборов всех культур. В связи с этим исключительно большое значение имеет создание и функционирование в крае системы семеноводства, обеспечивающей ускоренное испытание и выведение новых сортов зерновых, зернобобовых, кормовых культур, подсолнечника и сахарной свеклы.
В регионе действует государственное научное учреждение Алтайский научно-исследовательский институт сельского хозяйства Сибирского отделения Российской академии сельскохозяйственных наук (ГНУ АНИИСХ СО Россельхозакадемии), селекционный центр которого является одним из крупнейших научно-исследовательских отраслевых подразделений Сибири, где осуществляется селекционный процесс в отношении более чем 20 культур, основные из которых - зерновые и зернобобовые.
Выведенными сортами засевается 2,5 млн. га площадей под зерновыми культурами. В Государственный реестр селекционных достижений внесено 50 сортов, созданных научными сотрудниками ГНУ АНИИСХ СО Россельхозакадемии, 48 видов находится на государственном сортоиспытании. Уже получено 33 патента на сорта. С учетом спроса сельхозтоваропроизводителей и долгосрочной конъюнктуры рынка есть все предпосылки создавать высокопродуктивные, адаптированные к местным условиям сорта мягкой и твердой пшеницы, зернобобовых, крупяных и фуражных культур. Производство элитных семян созданных в крае новых сортов осуществляют 22 элитносеменоводческих хозяйства.
В 2009 году произведено 20 тыс. тонн семян зерновых культур высшей репродукции. На приобретение элитных семян в рамках ВЦП "Развитие сельского хозяйства в Алтайском крае" 232 хозяйствам края перечислено в 2010 году 29,2 млн. рублей субсидий, в том числе из краевого бюджета - 2,4 млн. рублей.
Однако существующая материально-техническая база семеноводства морально и физически устарела и требует технического переоснащения, что затрудняет доведение семян до высоких посевных кондиций (высевается более 20% некондиционных семян).
Из-за ограниченности финансовых средств многие сельхозтоваропроизводители покупают недостаточное количество элитных семян и не производят своевременно сортообновление и сортосмену. Все это снижает урожайность и валовые сборы зерна. По оценкам ученых, за счет использования высокосортных семян можно поднять продуктивность растений на 25%, качественных семян - на 20%.
В целях повышения урожайности зерновых до 20 ц/га, увеличения валовых сборов зерновых и зернобобовых культур необходимо техническое переоснащение всех семеноводческих звеньев, стимулирование своевременного обновления сортов.