Управление реализацией программы осуществляется на основе централизованного метода управления на двух уровнях:
стратегическое управление реализацией программы;
текущее управление реализацией программы, а также контроль за исполнением мероприятий программы.
Стратегическое управление реализацией программы осуществляется Администрацией края.
Администрация края:
утверждает программу;
определяет органы исполнительной власти Алтайского края, ответственные за реализацию программы;
координирует взаимодействие органов исполнительной власти Алтайского края с территориальными органами федеральных органов исполнительной власти и органами местного самоуправления при реализации мероприятий программы;
рассматривает планы реализации мероприятий программы и отчеты о ходе реализации программы, в том числе отчеты о результатах оценки ее эффективности и результативности;
представляет в Минэкономразвития России ежегодный отчет о ходе реализации программы (не позднее 1 февраля года, следующего за отчетным);
вносит изменения в программу.
Текущее управление реализацией программы, а также контроль за исполнением ее мероприятий осуществляют департамент Администрации края по вопросам государственной службы и кадров, Главное управление экономики и инвестиций Алтайского края, Главное управление Алтайского края по социальной защите населения и преодолению последствий ядерных испытаний на Семипалатинском полигоне.
Участниками реализации программы являются органы исполнительной власти Алтайского края, КАУ "МФЦ Алтайского края", а также по согласованию органы местного самоуправления муниципальных образований, МФЦ (учредителями которых являются органы местного самоуправления) и территориальные органы федеральных органов исполнительной власти, находящиеся на территории Алтайского края.