2.1. Управление возглавляет заместитель Губернатора Алтайского края, начальник Управления, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Губернатором Алтайского края по согласованию с федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим государственное управление в сфере образования.
2.2. Структура Управления утверждается Губернатором Алтайского края по согласованию с федеральным органом исполнительной власти по контролю и надзору в сфере образования.
Штатное расписание Управления, утверждается заместителем Губернатора Алтайского края, начальником Управления по согласованию с департаментом Администрации края по вопросам государственной службы и кадров. Структурными подразделениями управления являются отделы. Штатная численность отдела должна составлять не менее 4 единиц. Должность заместителя начальника отдела вводится при штатной численности отдела не менее 6 единиц. В одном отделе введение двух и более должностей заместителя начальника отдела не допускается.
В качестве структурных подразделений отделов со штатной численностью не менее 6 единиц могут образовываться сектора.
В штатное расписание отделов Управления наряду с должностями государственной гражданской службы Алтайского края могут вводиться должности, не относящиеся к должностям государственной гражданской службы. Данные должности учитываются в штатной численности структурных подразделений Управления.
2.3. Заместитель Губернатора, начальник Управления, его заместители осуществляют координацию и контроль деятельности структурных подразделений Управления, краевых учреждений, находящихся в ведении Управления.
2.4.В случае временного отсутствия Заместителя Губернатора, начальника Управления ответственность за выполнение возложенных на Управление функций осуществляет один из заместителей, назначенный приказом, исполняющим обязанности.
2.5.На время отпуска, командировки или болезни, должностные обязанности, закрепленные за:
заместителем начальника Управления исполняет заместитель начальника Управления, начальник отдела ресурсного обеспечения и развития учреждений образования;
заместителем начальника Управления, начальником отдела ресурсного обеспечения и развития учреждений образования исполняет заместитель начальника Управления;
заместителем начальника Управления, начальником отдела по делам молодежи исполняет заместитель начальника Управления, начальник отдела среднего профессионального образования и взаимодействия с высшими учебными заведениями;
заместителем начальника Управления, начальником отдела среднего профессионального образования и взаимодействия с высшими учебными заведениями исполняет заместитель начальника Управления, начальник отдела по делам молодежи.