Основными задачами и функциями Совета являются:
1. Содействие в организации и координации исполнения решений в области охраны окружающей среды, принятых Советом глав государств, Советом глав правительств, Советом министров иностранных дел и Экономическим советом СНГ.
2. Координация политики в области охраны окружающей среды государств - участников Соглашения путем выработки рекомендаций.
3. Подготовка рекомендаций по гармонизации нормативных правовых актов в сфере охраны окружающей среды.
4. Содействие разработке общих методических подходов в области экономики природопользования и охраны окружающей среды.
5. Организация разработки и содействие реализации межгосударственных и региональных программ и проектов в области природопользования, экологической безопасности и информирования.
6. Содействие развитию межгосударственной системы экологического мониторинга в целях сбора, оценки, прогноза и обмена экологической информацией государств - участников Соглашения.
7. Разработка общих подходов и осуществление согласованных мероприятий по восстановлению редких и находящихся под угрозой исчезновения видов животных и растений, имеющих общие для государств - участников Соглашения ареалы.
8. Содействие разработке и применению методов предотвращения влияния генетически измененных организмов на компоненты биологического разнообразия, а также минимизации вреда от инвазии агрессивных чужеродных видов диких животных и дикорастущих растений.
9. Осуществление согласованной научно-технической деятельности в области охраны окружающей среды, организация скоординированных фундаментальных и прикладных экологических исследований, совершенствование экологического образования и воспитания.
10. Организация обмена опытом работы и повышения квалификации специалистов в области охраны окружающей среды.
11. Содействие развитию и совершенствованию системы экологической экспертизы.
12. Содействие подготовке кадров в области охраны окружающей среды.
13. Содействие в вопросах развития и внедрения альтернативных источников энергии.
14. На Совет могут возлагаться другие задачи и функции, определяемые Советом глав правительств СНГ.