Комплексное управление Программой и распоряжение средствами федерального бюджета осуществляет субъект бюджетного планирования - Минсельхоз России.
Система управления реализацией Программы:
- ответственными за реализацию Программы в целом, достижение целей, задач, индикаторов цели, показателей задач и мероприятий, утвержденных в программе, являются Департамент животноводства и племенного дела и Департамент экономики и государственной поддержки АПК;
- координацию деятельности подразделений Минсельхоза России, учреждений и организаций, участвующих в реализации Программы, и их согласованные действия по реализации программных мероприятий осуществляют Департамент экономики и государственной поддержки АПК и Департамент животноводства и племенного дела;
- реализацию каждого мероприятия Программы и соответственно реализацию Программы осуществляют Департамент животноводства и племенного дела и заинтересованные департаменты Минсельхоза России;
- финансирование программных мероприятий осуществляет Департамент финансов и бюджетной политики;
- мониторинг реализации Программы осуществляют Департамент животноводства и племенного дела;
- научно-методологическое обеспечение реализации Программы осуществляет Департамент научно-технологической политики и образования;
- ответственными за формирование отчетности о ходе реализации Программы являются Департамент животноводства и племенного дела.
Финансирование предусмотренных Программой мероприятий будет осуществляться в пределах средств федерального бюджета, предусмотренных федеральным законом о федеральном бюджете на текущий финансовый год и плановый период Минсельхозу России на соответствующие мероприятия. Составной частью механизма финансирования является выделение субъектам Российской Федерации субсидий на запланированные мероприятия (кроме НИОКР).
Целевые индикаторы увеличения поголовья клеточных пушных зверей