Совет для выполнения своих функций имеет право:
3.1. Вносить в установленном порядке на рассмотрение Совета глав правительств и Экономического совета СНГ проекты документов, а также информацию о выполнении решений, по вопросам, входящим в компетенцию Совета.
3.2. Запрашивать в установленном порядке от государств - участников Соглашения и органов отраслевого сотрудничества СНГ информацию по вопросам, входящим в его компетенцию.
3.3. Создавать как постоянно действующие, так и временные рабочие группы экспертов по вопросам:
разработки проектов международных договоров и других документов, необходимых для реализации механизмов и эффективных методов в области карантина растений;
рассмотрения вопросов обмена нормативно-методической документацией и другой информацией в сфере карантина растений;
организации совместных научных исследований по актуальным проблемам в сфере карантина растений.
3.4. Осуществлять контроль за деятельностью постоянно действующих и временных рабочих групп экспертов, создаваемых при Совете, и принимать меры для обеспечения их работы.
3.5. Заслушивать отчеты председателя Совета и готовить соответствующие предложения для государств - участников Соглашения.
3.6. Разрабатывать и утверждать Регламент своей работы, а также вносить в него изменения.