Пункт 1 статьи 89 Налогового кодекса предусматривает, что выездная налоговая проверка проводится на территории (в помещении) налогоплательщика на основании решения руководителя (заместителя руководителя) налогового органа. В случае если у налогоплательщика отсутствует возможность предоставить помещение для проведения выездной налоговой проверки, выездная налоговая проверка может проводиться по месту нахождения налогового органа.
В арбитражной практике встречаются различные случаи конфликтных ситуаций. Так, в постановлении ФАС Дальневосточного округа от 20 июня 2012 года N Ф03-2316/2012 указано, что в связи с заявлением налогоплательщика, подписанным его представителем по доверенности, выездная налоговая проверка проведена по месту нахождения территориального органа ИФНС России. Следовательно, довод налогоплательщика о неправомерности проведения проверки по месту нахождения налогового органа признан судом противоречащим нормам налогового законодательства.
В ином случае ФАС Московского округа в постановлении от 30 октября 2012 года N А40-29703/12-115-124 установил, что организация, имевшая возможность предоставить помещение проверяющим для осуществления возложенных на них полномочий по проведению выездной налоговой проверки организации и не обратившаяся к налоговому органу с заявлением о проведении проверки по месту нахождения налогового органа, необоснованно была лишена права проведения выездной налоговой проверки на своей территории (в своем помещении), ознакомления должностных лиц налогового органа с подлинниками документов налогоплательщика на территории проверяемого.