Как указал ФАС Восточно-Сибирского округа в постановлении от 19 июля 2012 года N А19-19310/2011, проведение камеральной налоговой проверки во время выездной налоговой проверки не противоречит нормам Налогового кодекса, так как законодательство не запрещает налоговой инспекции одновременного проведения камеральной и выездной налоговых проверок по одним и тем же налогам за один и тот же период. Статья 89 Налогового кодекса ограничивает лишь проведение двух и более выездных налоговых проверок по одним и тем же налогам за один и тот же период.
Кроме того, поскольку выездная и камеральная проверки представляют собой самостоятельные и независимые формы налогового контроля, невыявление налоговым органом в рамках проведения камеральных налоговых проверок неправомерных действий налогоплательщика не исключает возможности установления и доказывания данных фактов в рамках проведения выездной налоговой проверки, являющейся иной формой налогового контроля.
В соответствии с разъяснениями Конституционного Суда России, содержащимися в определении от 8 апреля 2010 года N 441-О-О, нормы Налогового кодекса не запрещают при проведении выездной проверки выявлять нарушения, которые не были обнаружены при проведении камеральной проверки. На это обратил внимание ФАС Северо-Западного округа в постановлении от 5 марта 2012 года N А26-5577/2011.
При этом ФАС Северо-Западного округа в постановлении от 29 ноября 2012 года по делу N А46-17546/2012 указал, что недопустимо создание налоговым органом таких условий, при которых избранный им вид налоговой проверки (камеральная или выездная), без каких-либо фактических отличий в них по существу, мог позволить налоговому органу по собственному и формально не ограниченному усмотрению производить пересмотр ранее принятого им по камеральной налоговой проверке решения, изменяя лишь применяемые нормы права, на основании которых дополнительно начисляется не только налог, но и пени за весь период действия недоимки. Определение (изменение) судебно-арбитражной практики не отнесено законодательством о налогах и сборах ни к поводу, ни к основанию для осуществления выездной налоговой проверки налогоплательщика. Ошибки налогового органа подлежат устранению в порядке, предусмотренном главой 20 Налогового кодекса.