Из системного толкования положений статей 88, 89 Налогового кодекса следует, что выездная налоговая проверка предусматривает более широкие полномочия налогового органа по контролю, выраженные в порядке проведения, условиях, а также объеме подлежащих проверке документов, чем камеральная. Выездная налоговая проверка ориентирована на выявление тех нарушений налогового законодательства, которые не всегда можно обнаружить в рамках камеральной налоговой проверки: для их выявления требуется углубленное изучение документов бухгалтерского и налогового учета, а также проведение ряда специальных мероприятий контроля, например осмотра (ст.92 НК РФ) и выемки документов и предметов (ст.94 НК РФ). Как правило, именно в рамках выездных налоговых проверок выявляются и нарушения, обусловленные злоупотреблениями налогоплательщика в налоговой сфере, стремлением уклониться от налогообложения. Такая позиция отражена в постановлении ФАС Западно-Сибирского округа от 29 ноября 2012 года N А46-17546/2012.
Например, налоговый орган может в ходе выездной проверки выявить обстоятельства, препятствующие налоговому вычету, которые не могли быть выявлены при камеральной проверке. Сам по себе факт возмещения НДС по итогам камеральной проверки не исключает возможности доначисления налога по итогам выездной проверки и признания вычетов неправомерными, поскольку Налоговый кодекс не запрещает такое доначисление налога и не ставит возможность доначисления налога по выездной проверке в зависимость от результатов камеральной проверки за тот же период.
Кроме того, налоговый орган вправе после камеральной проверки провести выездную налоговую проверку по тому же налогу и после ее проведения вынести решение о его доначислении, несмотря на то, что организацией в вышестоящий налоговый орган был обжалован акт камеральной проверки о доначислении этого налога.