В структуру Системы входят:
федеральные органы исполнительной власти - Минатом России, Госстандарт России и Госатомнадзор России;
Центральный орган Системы;
орган по сертификации (функции которого на данном этапе деятельности Системы выполняют совместно Департамент атомной науки и техники Минатома России и Отдел по надзору за качеством и сертификации оборудования для ядерно и радиационно опасных объектов Госатомнадзора России);
Рабочий орган (осуществляющий функции технической поддержки), которым является некоммерческая организация - Фонд "Атомсертифика";
аккредитованные сертификационные экспертные центры;
аккредитованные испытательные лаборатории (центры);
изготовители (продавцы, исполнители).
Непосредственная работа в органе по сертификации (далее - ОС), сертификационных экспертных центрах и испытательных лабораториях осуществляется с обязательным участием экспертов-аудиторов Системы, аттестованных и зарегистрированных в соответствии с установленным в Системе порядком.