Применение специальных налоговых режимов определено положениями пункта 7 статьи 12 Налогового кодекса. Специальные налоговые режимы устанавливаются нормами Налогового кодекса и применяются в случаях и порядке, которые предусмотрены законодательством. Порядок применения УСНО установлен главой 26.2 Налогового кодекса. Причем переход к УСНО или возврат к иным режимам налогообложения осуществляется организациями добровольно (абз.2 п.1 ст.346.11 НК РФ).
Применение УСНО может предусматривать освобождение от обязанности по уплате отдельных федеральных, региональных и местных налогов и сборов, указанных в статьях 13-15 Налогового кодекса (п.7 ст.12 НК РФ), в том числе:
- налога на прибыль организаций (за исключением налога, уплачиваемого с доходов, облагаемых по налоговым ставкам, предусмотренным п.3 и 4 ст.284 НК РФ, то есть по ставкам, отличным от ставки 20%);
- налога на имущество организаций;
- НДС, за исключением налога, подлежащего уплате при ввозе товаров на территорию РФ и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией.
Иные налоги уплачиваются организациями, применяющими УСНО, в соответствии с законодательством о налогах и сборах (п.2 ст.346.11 НК РФ).
Так как в целях определения объекта налогообложения при УСНО учитываются доходы от реализации, определяемые в соответствии со статьей 249 Налогового кодекса, внереализационные доходы, определяемые в соответствии со статьей 250 Налогового кодекса, и не учитываются доходы, указанные в статье 251 Налогового кодекса, то УСНО применяется автономными учреждениями только в отношении доходов, полученных от приносящей доход деятельности.
Субсидии, предоставленные автономным учреждениям, то есть деятельность, финансовым обеспечением которой являются субсидии, не подпадают под действие УСНО. При этом налогоплательщики, получившие средства целевого финансирования, обязаны вести раздельный учет доходов (расходов), полученных (произведенных) в рамках целевого финансирования. При отсутствии такого учета у налогоплательщика, получившего средства целевого финансирования, указанные средства рассматриваются как подлежащие налогообложению с даты их получения (подп.14 п.2 ст.251).