Комментируемая статья устанавливает безусловное правило о том, что действия законного представителя организации считаются действиями самой организации для целей налоговых правоотношений.
Согласно пункту 1 статьи 53 ГК РФ юридическое лицо приобретает гражданские права и принимает на себя гражданские обязанности через свои органы, действующие в соответствии с законом, иными правовыми актами и учредительными документами.
Вместе с этим, следует учитывать, что привлечение организации к ответственности за совершение налогового правонарушения не освобождает ее должностных лиц при наличии соответствующих оснований от административной, уголовной или иной ответственности, предусмотренной законами Российской Федерации (пункт 4 статьи 108 НК РФ).
Следовательно, при решении любого вопроса, касающегося полномочий законного представителя организации, необходимо проверять учредительные документы организации и данные ЕГРЮЛ и не выяснять вопрос, полномочно ли ее конкретное лицо представлять интересы организации в отношениях с налоговыми органами, участниками отношений, регулируемых законодательством о налогах и сборах.
Аналогичная точка зрения изложена в Постановлении ФАС Восточно-Сибирского округа от 14.03.2003 N А78-7015/02-С2-18/225-Ф02-616/03-С1.
Следует учитывать, что возможно исключение прекратившего свою деятельность юридического лица из ЕГРЮЛ, если в результате бездействия своего законного представителя юридическое лицо в течение двенадцати месяцев, предшествующих моменту принятия регистрирующим органом соответствующего решения, не представляет документы отчетности, предусмотренные законодательством Российской Федерации о налогах и сборах.
При этом сам по себе факт наличия в организации корпоративного конфликта не может служить обстоятельством, освобождающим налогоплательщика от предусмотренной законодательством о налогах и сборах обязанности представления в налоговый орган по месту учета налоговых деклараций (расчетов), однако должен быть учтен при рассмотрении спора об исключении недействующего юридического лица из ЕГРЮЛ.
На это указал ФАС Северо-Западного округа в Постановлении от 06.07.2011 N А56-21354/2010.