На заказник возлагается выполнение следующих задач:
- изучение, сохранение, воспроизводство и восстановление водных биологических ресурсов залива Восток;
- сохранение и восстановление ценных водных объектов и экологических систем залива;
- содействие научно-исследовательским организациям в проведении научно-исследовательских работ без нарушения установленного режима заказника;
- пропаганда передового опыта охраны природы, экологическое просвещение населения.