Контроль за поступлением средств в целевой бюджетный экологический фонд осуществляет орган, осуществляющий казначейское исполнение краевого бюджета.
Контроль за расходованием средств целевого бюджетного экологического фонда осуществляют орган, осуществляющий казначейское исполнение краевого бюджета, и контрольно-счётная палата Думы Приморского края.