5.1. ГЭУ возглавляет начальник Главного экономического управления, назначаемый главой администрации области.
5.2. Начальник ГЭУ несет персональную ответственность за выполнение возложенных на ГЭУ задач.
Начальник ГЭУ имеет двух заместителей, назначаемых на должность и освобождаемых от должности по его представлению главой администрации власти.
5.3. Начальник ГЭУ:
- руководит деятельностью аппарата ГЭУ и подведомственных ему подразделений, обеспечивает выполнение стоящих перед ним задач и является материально ответственным лицом за имущество и активы ГЭУ;
- имеет право без доверенности действовать от имени ГЭУ во всех организациях, учреждениях и органах власти, открывать счета в банках и выдавать доверенности;
- принимает участие в подготовке нормативных актов администрации области, подготавливает от лица администрации распоряжения по вопросам, отнесённым к его ведению, издает приказы в пределах своей компетенции;
- осуществляет наем и увольнение работников ГЭУ в соответствии с действующим законодательством, определяет их должностные права и обязанности, руководствуясь законами Смоленской области.
5.3. При ГЭУ образуется коллегия, состав которой утверждается главой администрации области по представлению начальника ГЭУ.
Коллегия ГЭУ на своих заседаниях рассматривает вопросы организации работы по формированию проектов и прогнозов социально-экономического развития области, федеральных и региональных программ и их исполнения, руководства экономическими службами администрации районов и городов, проверки исполнения принимаемых решений и другие вопросы деятельности ГЭУ.
Решения коллегии оформляются протоколом и проводятся в жизнь приказами начальника ГЭУ.
В случае возникновения противоречий между начальником ГЭУ и коллегией, начальник ГЭУ проводит в жизнь свое решение, докладывая о возникших разногласиях руководству областной администрации, а члены коллегии, в свою очередь, могут сообщить свое мнение в администрацию области.
5.4. Структура и штатное расписание ГЭУ утверждаются и изменяются постановлением главы администрации Смоленской области.